Đại diện hiện nay của cộng động thanh niên tại Nhật Bản là Hội Thanh niên và Sinh viên Việt Nam tại Nhật Bản (VYSA) còn đại diện chung chung cho cả cộng đồng là Hội người Việt Nam tại Nhật Bản được thành lập năm 2009. VYSA mở rộng từng năm và hiện tại VYSA gồm có 13 chi hội ở các vùng trên toàn nước Nhật. Đó là: Hokkaido, Sendai, Niigata, Kanto, Tokai, Shiga, Kyoto, Osaka, Kobe, Okayama, Kita-kyushu, Fukuoka, APU.

Trên giấy tờ, Việt Nam gửi sang Nhật nhiều du học sinh, khoảng 60.000 vào năm 2016 nhưng số liệu thực tế của nhà chức trách Nhật Bản thì hơn 90% học sinh bỏ học với mục đích đi làm lậu không giấy phép. Vì vậy lằn ranh giữa người Việt qua Nhật lao động hay đi học không phải là hai nhóm riêng mà gần như hai là một. Ước tính chỉ khoảng 8% trong số 60.000, tức 5.000 người thật sự ghi danh đi học mà thôi.[13]

Năm 2019 chính phủ Nhật mở cuộc điều tra sinh viên ghi danh tại Đại học An sinh Xã hội Tokyo. Trường báo cáo rằng 700 sinh viên ngoại quốc ghi danh (số không ít từ Việt Nam) đã thôi học và trường không biết hành tung nữa.[14]